历史
新圣女修道院由莫斯科大公瓦西里三世于1524年建立，以纪念古老的俄罗斯城市斯摩棱斯克重归俄罗斯领土。当时，斯摩棱斯克已被立陶宛大公国统治了110年（自1404年起）。13-15世纪之交，古罗斯诸公国的领土上出现了两个强大的国家：莫斯科罗斯和立陶宛罗斯。立陶宛罗斯包括基辅、波洛茨克、切尔尼戈夫、明斯克、奥尔沙、平斯克等古老的俄罗斯城市，自1404年起还包括斯摩棱斯克。对于莫斯科罗斯来说，夺回失去的基辅罗斯领土具有重要意义。16世纪上半叶，莫斯科大公国与立陶宛之间的战争接连不断：1500-1503年、1507-1508年、1512-1522年和1534-1537年。

瓦西里三世亲自率领了对斯摩棱斯克的三次军事行动，这些行动从1512年持续到1514年。前两次行动失败了。然而，在第三次行动中，动员了8万人，之后通过持续到1522年的外交谈判，斯摩棱斯克被划归莫斯科罗斯近90年，直到1611年再次被波兰立陶宛联邦控制（1569年波兰王国与立陶宛大公国联合后）。
修道院的选址并非偶然——它位于莫斯科西南方向，这是克里米亚鞑靼人和西方侵略最容易攻击的地方。新圣女修道院与莫斯科周边的其他修道院一道，构成了保护莫斯科的防御体系。修道院建在斯摩棱斯克路附近的莫斯科河湾区左岸，靠近三个渡口（15世纪时被称为卢日尼科沃村，现在被称为卢日尼基）。
瓦西里三世为修道院的建设拨款3000银卢布，并捐赠了两个宫廷村庄——阿拉布津诺和特拉帕列沃。
修道院最初是皇家修道院，住着一些皇室女性，包括伊凡雷帝的亲属：乌莉娅娜·帕列茨卡娅，雷帝的侄媳和其弟尤里之遗孀；叶莲娜·谢列梅捷娃，雷帝另一位侄媳和其子的遗孀；伊琳娜·戈杜诺娃，沙皇费奥多尔一世的遗孀及未来沙皇鲍里斯·戈杜诺夫的姐姐；克谢尼娅·戈杜诺娃，鲍里斯·戈杜诺夫的女儿；玛丽亚·弗拉基米罗芙娜，利沃尼亚国王马格努斯之遗孀及弗拉基米尔·安德列耶维奇王子的女儿；叶卡捷琳娜·布伊诺索娃-罗斯托夫斯卡娅，沙皇瓦西里·舒伊斯基的妻子；以及玛丽亚·多尔戈鲁卡娅，沙皇米哈伊尔·罗曼诺夫的妻子的母亲。从1689年起，彼得一世的姐姐索菲亚·阿列克谢耶夫娜公主及其姐妹叶夫多基娅、叶卡捷琳娜、玛丽亚·米洛斯拉夫斯基以及彼得一世的第一任妻子叶夫多基娅·洛普欣娜也居住在修道院。修道院一直是皇家修道院，直到18世纪初才开始接纳来自不同社会阶层的修女。
新圣女修道院与俄罗斯历史上许多重大的政治和军事事件息息相关，例如1598年鲍里斯·戈杜诺夫被选为沙皇的事件。亚历山大·普希金在他的悲剧《鲍里斯·戈杜诺夫》中描绘了这些事件，其背景设在克里姆林宫和新圣女修道院。
在费奥多尔·伊万诺维奇沙皇去世后，留里克王朝宣告结束。沙皇费奥多尔的遗孀伊琳娜·戈杜诺娃离开克里姆林宫，搬到新圣女修道院。1598年，大地会议选举鲍里斯·戈杜诺夫为新沙皇。虽然鲍里斯并非皇室成员，但在费奥多尔在位期间，他是最亲近的波雅尔和共治者。鲍里斯知道自己会被选为沙皇，但他希望在接受王位之前被多次恳请，这在俄罗斯是为了显示其作为全民推选君主的合法性，因为在俄罗斯传统中，首次邀请是不能接受的。为此，鲍里斯也跟随姐姐伊琳娜搬到新圣女修道院。随后，修道院墙外举行了两次盛大的十字架游行。在牧首约伯的带领下，神职人员、贵族和各阶层人民从克里姆林宫出发，前往修道院，请求鲍里斯接受王位。第二次游行后，鲍里斯终于同意登基，牧首约伯在修道院的墙内祝福他为沙皇。这一事件发生在1598年2月21日（旧历）。鲍里斯于同年9月1日在克里姆林宫的圣母升天大教堂加冕，延续俄罗斯沙皇的传统加冕仪式。鲍里斯统治了七年，55岁时去世（据称是被毒害）。
与修道院相关的其他重大历史事件发生在17世纪末。
修道院的鼎盛时期是索菲亚·阿列克谢耶夫娜公主（1682–1689）七年摄政时期，期间修道院进入了密集的石建筑建设期，并持续整个她的统治时期。此期间建成了所有主要的巴洛克式建筑：1683-1688年建成的大门内的圣母庇护教堂及其附属的玛丽亚宫殿，1685-1687年建成的双层圣母升天教堂及其餐厅宫殿，1687-1688年建成的救世主变容教堂及洛普欣宫殿，1689-1690年建成的修道院钟楼。新圣女修道院的传统建筑群逐步形成。此期间，来自克里姆林宫军械库的画师们在费奥多尔·祖博夫的领导下为修道院绘制了圣像屏。从1686年起，外交使馆处艺术工作室的负责人卡尔普·佐洛塔廖夫主持了新教堂圣像屏的制作。
在整个摄政时期，索菲亚是她弟弟伊凡和彼得两位沙皇的摄政。1689年，彼得年满17岁，兄妹间展开了一场权力斗争，最终彼得成为唯一统治者，而索菲亚被送往新圣女修道院。在那里，她目睹了1698年在新耶路撒冷修道院附近发生的第二次射击军叛乱。据推测，索菲亚从修道院传出信件，呼吁射击军起义并要求她复位。然而，这封信件的存在并未得到证实，因为修道院的档案在火灾中被烧毁。1698年的射击军叛乱被残酷镇压：莫斯科有超过1500名射击军被处决，另有约240人在修道院前的少女原野被处决。第二次叛乱后，索菲亚被剃度为修女，法号苏珊娜，随后在修道院的瞭望塔守卫所度过了更为严苛的六年生活。在去世前，她再次剃度为大修士，法号索菲亚，并于1704年被葬在修道院的斯摩棱斯克大教堂。其墓旁是她的姐妹叶夫多基娅和叶卡捷琳娜·米洛斯拉夫斯基，以及彼得一世的第一任妻子叶夫多基娅·洛普欣娜的白石墓碑。
请记住，新圣女修道院曾是“守卫修道院”，也是一座修道院堡垒，因此它见证了俄罗斯国家许多戏剧性的军事历史。
1571年，当德夫莱特-吉莱（Devlet-Giray）的军队逼近莫斯科时，新圣女修道院发生了火灾；1591年，当卡兹-吉莱入侵时，修道院的墙上已经安装了炮台。
鲍里斯·戈杜诺夫登上王位后，向修道院捐赠了1000银卢布，用于建造一堵强大的城墙（长870米，有12座塔楼和4个射击军哨所）。
1605年，伪德米特里一世进入莫斯科；1606年，修道院被围困。斯摩棱斯克和梁赞的部队聚集在修道院墙外，以保卫莫斯科。1610-1611年间，修道院内驻扎了4个由波兰军官指挥的波兰-立陶宛士兵连队。1612年8月22日，科兹马·米宁和德米特里·波扎尔斯基率领的俄罗斯民兵与亚努什·霍特凯维奇（Jan Chodkiewicz）指挥的军队在修道院墙外展开了解放莫斯科的战斗。霍特凯维奇的军队有1.2万人，俄罗斯军队人数为8000至10000人。8月25日，修道院墙外爆发了争夺莫斯科的战斗。在战斗开始时，修道院被解放，两个月后，即1612年10月26日，克里姆林宫和中国城也被解放。战斗导致修道院被掠夺和烧毁，与莫斯科的大部分地区一样，修道院被严重破坏。修女们已全部离开，修道院的财宝被洗劫，教堂及其他建筑受到严重损毁。第一位罗曼诺夫王朝统治者的时期，修道院进入了修复阶段。
正好200年后的1812年9月8日，2000名法国士兵在拿破仑元帅达武将军的指挥下占领了新圣女修道院。
他们占据了修道院的所有房间和教堂，除了斯摩棱斯克大教堂。这些不速之客毫无礼貌：他们在祭坛上过夜，在圣桌上进餐，还在北门前安置了六门大炮。法国人在圣母升天教堂安置了伤员。修女们悉心照料伤员，准备食物，缝制衣物。9月25日，拿破仑访问了修道院，下令将修道院的所有建筑改作军需仓库，并下令炸毁修道院墙外的施洗者约翰教堂。这座教堂成为莫斯科唯一被拿破仑命令炸毁的教堂。法国人在修道院居住了一个月。撤退前，他们试图炸毁主教堂——斯摩棱斯克大教堂。他们在地下室放置了六桶火药，点燃了导火索后撤离。当修女们进入斯摩棱斯克大教堂时，发现里面已经起火。她们迅速扑灭了火焰，挽救了教堂免遭爆炸，保护了修道院免受火灾破坏。法国士兵离开后，修道院的所有教堂都需要重新祝圣。
在苏联时期，新圣女修道院逐渐关闭。
1918年春，修道院被用于安置200名教育人民委员会的学员；1920年，又安置了300名来自彼得格勒的工人；到1925年，修道院内居住了456人。1920年，倒数第二位修女院长列奥尼达·奥泽罗娃去世。同年，修女们选举维拉·波别金斯卡娅为院长，并得到牧首季洪的批准。1920年，修道院被改组为东正教兄弟会，成员包括约1000人——200名修女及信徒。1922年，修道院关闭，并于同年3月2日设立了一座博物馆。1934年，该博物馆成为国家历史博物馆的分馆，并保持这一地位直至2010年。2011年1月1日，俄罗斯东正教莫斯科教区在修道院设立了一座教会博物馆，延续了国家历史博物馆的传统。
1994年，在修女院长谢拉菲玛（切尔娜亚）的领导下，修道院开始复兴修道生活。谢拉菲玛出身于契恰戈夫贵族家族。