圣母庇护大门教堂及玛丽亚宫殿也采用莫斯科巴洛克风格，建于1683-1688年，同样修建于索菲亚公主统治时期。与主显节教堂类似，圣母庇护教堂位于宽阔的南侧三跨庇护门之上。圣母庇护教堂结构独特，拥有三圆顶，沿东西轴线排列。圣像屏的图像由克里姆林宫军械库的圣像画师基里尔·乌拉诺夫和瓦西里·帕霍莫夫绘制，而雕刻框架由军械库的两位雕刻师伊万·秋林和米隆·克利莫夫完成。教堂东侧附有一座三层住宅楼，与修道院南墙相连，这就是玛丽亚宫殿，索菲亚公主的亲妹妹玛丽亚·阿列克谢耶夫娜·米洛斯拉夫斯卡娅曾居住于此。