在斯摩棱斯克大教堂之后，修道院内的第二座石质建筑是一个建筑群，包括单圆顶的圣安布罗斯教堂、圣餐厅及住宅厅。这些建筑群始建于16世纪，并于1598年完工，之后多次翻新重建。这些建筑与16世纪的建筑风格一致，呈现出当时的宏伟形式及简约装饰。1598年1月，沙皇费奥多尔·伊万诺维奇的遗孀伊琳娜·戈杜诺娃搬入此建筑群。她是鲍里斯·戈杜诺夫的姐姐，在此剃度成为修女，法号亚历山德拉，并创立了一家绣品作坊。在伊琳娜·戈杜诺娃的房间内，曾用丝线绣制了一幅帷幕《圣母赞美》，描绘了圣烈女伊琳娜和修女亚历山德拉的全身像。不久后，她的兄弟鲍里斯·费奥多罗维奇·戈杜诺夫也迁入新圣女修道院。修道院与他加冕为沙皇密切相关，并成为他的临时官邸。